Acerca de ciertas variaciones estructurales del genoma humano

Autores/as

  • Luis Alberto Méndez Rosado Centro Nacional de Genética Médica. Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Cuba
  • Juan Elí Galarza-Brito Hospital Pablo Arturo Suárez. Quito, Ecuador.

Palabras clave:

Aberraciones Cromosómicas, Puntos de Rotura del Cromosoma, Variaciones en el Número de Copia de ADN

Resumen

En el genoma humano aparecen variaciones que aparentemente no implican cambios deletéreos, y que se diagnostican mediante técnicas de citogenética convencional o molecular. Sin embargo, está demostrado que en ocasiones estas variaciones son causa de serias alteraciones fenotípicas. El presente trabajo tiene como objetivo realizar una actualización sobre los avances en el diagnóstico de las variaciones genómicas y evaluar los resultados que pueden explicar la correlación entre el fenotipo anormal del paciente con el genotipo aparentemente balanceado en una aberración estructural o con variaciones en el número de copias que aparecen de novo en los individuos. Se realizó una revisión del tema a través de la búsqueda de artículos científicos en Pubmed y Research Gate, seleccionando los disponibles a texto completo y con información novedosa. Dentro de las aberraciones estructurales balanceadas se describen las alteraciones que involucran los puntos de ruptura implícitos en este tipo de reordenamiento. Se refiere el efecto adverso que pueden tener las variaciones en el número de copias en el genoma y su diferente ubicación en el mismo.

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Biografía del autor/a

Luis Alberto Méndez Rosado, Centro Nacional de Genética Médica. Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Cuba

Doctor en Ciencias de la Salud. Licenciado en Biología. Citogenetista. Profesor e Investigador Titular.

 

Juan Elí Galarza-Brito, Hospital Pablo Arturo Suárez. Quito, Ecuador.

Médico Especialista de Primer Grado en Genética Clínica.

Citas

1. Alkan C, Coe BP, Eichler EE. Genome structural variation discovery and genotyping. Nat Rev Genet 2011;12:363–76.

2. Shaw CJ, Lupski JR. Implications of human genome architecture for rearrangement-based disorders: the genomic basis of disease. Hum Mol Genet 2004;13:57–64.

3. Bugge M, Bruun-Petersen G, Brondum-Nielsen K, Friedrich U, Hansen J, Jensen G, et al. Disease associated balanced chromosome rearrangements: a resource for large scale genotype–phenotype delineation in man. J Med Genet 2000;37:858–65.

4. Gardner MJ, Sutherland GR, Shafer LG. Chromosome Abnormalities and Genetic Counseling. 4th Ed. New York: Oxford University Press Inc; 2012.

5. Sismani C, Kitsiou-Tzeli S, Ioannides M, Christodoulou C, Anastasiadou V, Stylianidou G, et al. Cryptic genomic imbalances in patients with de novo or familial apparently balanced translocations and abnormal phenotype. Molecular Cytogenetics 2008;1:1-15.

6. Gribble SM, Prigmore E, Burford DC, Porter KM, Bee Ling N, Douglas EJ, et al. The complex nature of constitutional de novo apparently balanced translocations in patients presenting with abnormal phenotypes. J Med Genet 2005;42:8-16.

7. Bache I, Hjorth M, Bugge M, Holstebroe S, Hilden J, Schmidt L, et al. Systematic re-examination of carriers of balanced reciprocal translocations: a strategy to search for candidate regions for common and complex diseases. Eur. J. Hum. Genet. 2006; 14, 410-7.

8. Brady PD, Chiaie BD, Christenhusz G, Dierickx K, Van Den Bogaert K, Menten B, et al. A prospective study of the clinical utility of prenatal chromosomal microarray analysis in fetuses with ultrasound abnormalities and an exploration of a framework for reporting unclassified variants and risk factors. Genet. Med. 2014;16:1-6.

9. Fantes JA, Whiteford M, Boland E, Van Heyningen V, Gautier P, Ramsay J, et al. FISH Mapping of De Novo Apparently Balanced Chromosome Rearrangements Identifies Characteristics Associated with Phenotypic Abnormality. Am J Hum Genet. 2008;82:916-926.

10. Gajecka M, Glotzbach CD, Jarmuz M, Ballif BC, Shaffer L. Identification of cryptic imbalance in phenotypically normal and abnormal translocation carriers. Eur. J. Hum. Genet. 2006;14:1255-62.

11. Estop AM, Marquez C, Munne S, Navarro J, Cieply K, Van Kirk V et al. An Analysis of Human Sperm Chromosome Breakpoints. Am J Hum Genet. 1995;56:452-60.

12. Higgins AW, Donovan DJ, Gusella JF, Kishikawa S, Lemyre E, MacDonald M, et al. Characterization of Apparently Balanced Chromosomal Rearrangements from the Developmental Genome Anatomy Project. American Journal of Human Genetics 2008;82:712-22.

13. Fonseca AC, Bonaldi A, Bertola D, Kim Ch, Otto P, Vianna-Morgante A. The clinical impact of chromosomal rearrangements with breakpoints in SOX9 gene: two novel de novo balanced translocation associated with acampomelic campomelic dysplasia. BMC Med Genet. 2013;14:50-60.

14. Finelli P, Giardino F, Sirchia SM, Monti L, Bernardina BD, Masciadri M, et al. Yuxtaposition of heterochromatic and euchromatic regions by chromosomal translocation mediates a heterochromatic long range position effect associated with a severe neurological phenotype. Mol. Cytogenet. 2012;5:16-26.

15. Ionita-Laza I, Lee C, Rogers AJ, Lange C, Raby B. Genetic association analysis of copy number Variation (CNVs) in human disease pathogenesis. Genomics 2009;93(1):22–6.

16. Henrichsen C, Chaignat E, Reymond A. Copy number variants, diseases and gene expression. Hum Mol Gen. 2009;18:1-8.

17. Schluth-Bolard C, Delobel B, Sanlaville D, Boute O, Cuisset JM, Sukno S, et al. Cryptic genomic imbalances in the novo and inherited apparently balanced chromosomal rearrangements: Array CGH study of 47 unrelated cases. Eur. J. Hum. Genet. 2009;52:291-6.

18. De Gregori M, Ciccone R, Magini P, Pramparo T, Gimelli S, Messa S, et al. Cryptic deletions are a common finding in ‘‘balanced’’ reciprocal and complex chromosome rearrangements: a study of 59 patients. J Med Genet 2007;44:750-62.

19. Baptista J, Thomas S, Mercer C, Prigmore E, Jacobs P, Gribble S, et al. Breakpoint Mapping and Array CGH in Translocations: Comparison of a Phenotypically Normal and an Abnormal Cohort. Am J Hum Genet. 2008;82:927-36.

20. Baptista J, Crolla JA, Prigmore E, Gribble SM, Jacobs PA, Carter NP. Molecular cytogenetic analyses of breakpoints in apparently balanced reciprocal translocations carried by phenotypically normal individuals. Eur. J. Hum. Genet. 2005;13:1205-12.

21. Theisen A, Shaffer L. Disorders caused by chromosome abnormalities. The Application of Clinical Genetics 2010;3:159–74.

22. He Y, Hoskins JM, McLeod HL. Copy Number Variants in pharmacogenetic genes. Trends Mol Med 2011;17(5):244–51.

23. Cooper GM, Coe BP, Girirajan S, Rosenfeld JA, Vu T, Baker C et al. A Copy Number Variation Morbidity Map of Developmental Delay. Nat Genet 2011;43(9):838-46.

24. Tuzun E, Sharp AJ, Bailey JA, Kaul J, Morrison VA, Pertz LM, et al. Fine-scale structural variation of the human genome. Nat Genetics 2006;37(7):727-32.

25. Girirajan S, Rosenfeld JA, Coe BP, Parikh S, Friedman N, Goldstein A, et al. Phenotypic Heterogeneity of Genomic Disorders and Rare Copy Number Variants. N Engl J Med 2012;14(4):1321-31.

26. Mefford H. CNVs in Epilepsy. Curr Genet Med Rep 2014;2:162-7.

27. Mu XJ, Lu ZJ, Kong Y, Lam HKL, Gerstein MB. Analysis of genomic variation in non-coding elements using population-scale sequencing data from the 1000 Genomes Project. Nucleic Acids Research 2011;39(16):7058-76.

28. Sobreira N, Gnanakkan V, Walsh M, Marosy B, Wohler E, Thomas G, et al. Characterization of complex chromosomal rearrangements by targeted capture and next-generation sequencing. Genome Research 2011;21:1720-7.

29. Mills RY, Walter K, Stewart C, Handsaker RE, Alkan C, Abyzov A, et al. Mapping copy number variation by population scale genome sequencing. Nature 2011;470(7332):59–65.

30. Qiao Y, Badduke Ch, Mercier E, Lewis S, Pavlidis P, Rajcan-Separovic E. miRNA and miRNA target genes in copy number variations occurring in individuals with intellectual disability. BMC Genomics 2013;14:544-54.

31. Ritz A, Paris P, Ittmann M, Collins C, Raphael B. Detection of recurrent rearrangement breakpoints from copy number data. BMC Bioinformatics 2011; 12: 114-130.

32. Gersen SL, Keagle MB. The Principles of Clinical Cytogenetics. 3th Ed. New York: Springer Science;2013.

33. Moreno-De-Luca D, Moreno-De-Luca A, Cubells J, Sanders S. Cross-Disorder comparison of four neurophyshiatric CNV Loci. Curr Genet Med Rep 2014;2:151-61.

34. Utami KH, Hillmer AM, Aksoy I, Chew IGY, Teo ASM, Zhang Z, et al. Detection of Chromosomal Breakpoints in Patients with Developmental Delay and Speech Disorders. PLOS ONE 2014;9:3-13.

35. Qiao Y, Mercier E, Dastan J, Hurlburt J, McGillivray B, Chudley AE, et al. Copy number variants (CNVs) analysis in a deeply phenotyped cohort of individuals with intelectual disability (ID). BMC Med Genet. 2014;15:82-93

36. Stephanie M. Ware Copy Number Variation in Congenital Heart Defects. Curr Genet Med Rep 2014;2:168-178.

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Publicado

2019-02-28

Cómo citar

1.
Méndez Rosado LA, Galarza-Brito JE. Acerca de ciertas variaciones estructurales del genoma humano. revgencom [Internet]. 28 de febrero de 2019 [citado 21 de mayo de 2025];11(3). Disponible en: https://revgenetica.sld.cu/index.php/gen/article/view/41

Número

Vol. 11 Núm. 3 (2017): Septiembre - Diciembre

Sección

Artículos de revisión

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